APLICACIÓN DE PROTEÓMICA Y BIOINFORMÁTICA EN LA IDENTIFICACIÓN Y CARACTERIZACIÓN DE PROTEÍNAS

 

CURSO GRATUITO DIRIGIDO A LOS ASISTENTES AL IX CONGRESO INTERNACIONAL DE BIOTECNOLOGÍA SOCIBI Y DEL ENCUENTRO DE ESTUDIANTES Y EGRESADOS DEL POSGRADO CICB-UATx

 

FECHA DEL CURSO: Sábado 2 y Domingo 3 de Diciembre del 2023

  

MODALIDAD: Virtual

 

NOTA: El enlace de conexión para unirse al curso se enviará en su momento a las personas inscritas al curso

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REGISTRO: a los interesados se les informa que para registrarse deberán enviar el comprobante de inscripción al congreso al email: alex22.me75.am@gmail.com. Por favor considere que no se registraran asistentes en ningún otro correo electrónico.

 

CONSTANCIA CON VALOR CURRICULAR: Se entregará constancia a las personas que asistan a todas las sesiones virtuales.

 

El enlace para unirse al curso y mayores detalles sobre el curso se enviarán al correo electrónico de aquellas personas registradas para tomar dicho curso. 

 

Ponentes: Dr. Eduardo Callegari

Director South Dakota Biomedical Research Infrastructure Network (SD-BRIN) Proteomics Core Facility,

Sanford School of Medicine, University of South Dakota, Vermillion, SD 57069 USA.

 

HORARIO: 9:00-11:00, 11:30-13:00, 14:00-17:00

 

Tema 1: Introducción a la proteómica

 

Definiciones de proteoma y proteómica, Interactoma-Interactómica. Actualización del dogma central de la Biología Molecular. Información estática y dinámica. Genoma-Transcriptoma- Proyecto Genoma Humano y Proteoma Humano, comparación y diferencias. Estudios globales (discovery proteomics) y focalizados (targeted  proteomics).

Análisis proteómico en la práctica: identificación, caracterización y cuantificación de proteínas.

 

Tema 2: Técnicas separativas y analíticas

 

Técnicas separativas (electroforesis y cromatografía) y analíticas (espectrometría de masas) aplicadas al análisis proteómico. Tecnologías aplicadas en el campo de la proteómica: separación, identificación y análisis de proteínas. Criterios para seguir y estrategias. Técnicas: 1D y 2D PAGE. Tinción de geles: Coomassie Blue R-250, Coomassie G-250, Blue Silver, Sypro Ruby (fluorescente) y con Plata (protocolos, sensibilidad, limitaciones y rango dinámico). Obtención y análisis de imágenes a partir de geles previamente teñidos (aspectos cualitativos y cuantitativos, precauciones a tener en cuenta).

 

Tema 3: Técnicas analíticas (espectrometría de masas) aplicada al análisis proteómico

 

Introducción a la espectrometría de masas aplicada a péptidos y proteínas. Tipos de equipos e ionización. MALDI y ESI, ejemplos. Determinación de la secuencia parcial de aminoácidos a través de la huella dactilar de péptidos (Peptide Mass Fingerprinting) y. análisis de fragmentos de péptidos (MSMS fragmentation analysis). Adquisición de datos en forma dependiente del péptido seleccionado (precursor) (DDA). Bottom-up y Top-Down.

 

Tema 4: Análisis bioinformático de péptidos y proteínas-uso de diferentes herramientas

 

Introducción a la Bioinformática aplicada al análisis de péptidos y proteínas por espectrometría de masas. Adquisición de datos y análisis de los mismos. Extracción de las listas de picos o masas a partir del archivo original. Precursores o parents, Fragmentos "y" y "b". Uso de motores de búsqueda (search engines o servidores (públicos y privados ejemplos = MASCOT y caja de herramientas Daemon), digestión in silico). Bases de datos, formatos, criterios de búsqueda y análisis. Secuenciamiento de novo. Elaboración e interpretación de informes. Score, coincidencia con la identidad y/u homología de la secuencia teórica (matches, cobertura del mapa de la secuencia de la proteína a identificar).

Simulación de identificación de proteínas a partir de datos de espectrometría de masas utilizando una base de datos y un motor de búsqueda.

 

Tema 5: Gene Ontology, pathways e interactoma

 

Herramientas para búsquedas de información de las proteínas identificadas relacionadas con procesos biológicos (biological process), función molecular (molecular function), localización celular (cellular components) y vías o rutas de procesos biológicos (pathways). Intetactomica, String-DB.